Theo Quyết định 721/QĐ-UBND ký ngày 12/12/2016 Trung tâm kiểm soát bệnh tật Bắc Giang bắt đầu đi vào hoạt động từ 1/1/2017 bao gồm hợp nhất: Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh; Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS; Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Trung tâm Mắt; Trung tâm Truyền thông Giáo dục sức khỏe và bộ phận phòng, chống sốt rét, ký sinh trùng, côn trùng của Trung tâm Phòng, chống Sốt rét - Nội tiết. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Bắc Giang được xếp hạng I. Qua đó Sở Y tế cũng quy định chức năng nhiệm vụ của Trung tâm  Kiểm soát bệnh tật Bắc Giang theo quy định hướng dẫn của Bộ Y tế và Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Giang. Cơ cấu tổ chức gồm Ban giám đốc và 16 khoa phòng.

Bắc Giang là đơn vị thứ 3 sau các tỉnh Yên Bái, Bình Phước hành lập Trung tâm kiểm soát bệnh tật trên cơ sở hợp nhất các đơn vị trong khối dự phòng tuyến tỉnh. Việc sát nhập các Trung tâm tuyến tỉnh có cùng chức năng dự phòng thành một Trung tâm kiểm soát bệnh tật tuyến tỉnh, thành phố (CDC) cũng là một thay đổi lớn, nhưng phù hợp với xu hướng hội nhập trong khu vực và quốc tế.