Trong điều trị đái tháo đường, việc dùng thuốc đơn trị liệu hay phối hợp thuốc, liều dùng, cách dùng phải do bác sĩ chuyên khoa chỉ định và người bệnh cần tuân thủ. Tuy nhiên, trong quá trình dùng thuốc người bệnh cần biết và theo dõi những bất thường có thể xảy ra đối với thuốc này để thông báo cho bác sĩ điều trị biết. Các tác dụng phụ không mong muốn thường gặp nhất là về tiêu hóa như chán ăn, buồn nôn, nôn, tiêu chảy, đầy thượng vị, táo bón, ợ nóng. Những tác dụng này liên quan với liều và thường xảy ra vào lúc bắt đầu điều trị nhưng thường là nhất thời. Ngoài ra, một số người bị nổi ban, mày đay, cảm thụ với ánh sáng. Thuốc có thể gây giảm nồng độ vitamin B₁₂.

Có thể tránh các tác dụng phụ về tiêu hóa bằng cách uống metformin vào các bữa ăn và tăng liều dần từng bước, bổ sung thêm vitamin B₁₂ (khi cần thiết).