Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Điện Biên được thành lập theo Quyết định số 604/QĐ-UBND ngày 26 tháng 7 năm 2018 của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Điện Biên trên cở sở hợp nhất của 7 Trung tâm chuyên khoa tuyến tỉnh thuộc Sở Y tế tỉnh Điện Biên, bao gồm: Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh; Trung tâm phòng chống HIV-AIDS; Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Trung tâm Phòng chống bệnh xã hội; Trung tâm Phòng chống Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn Trùng; Trung tâm Nội tiết và Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe. Cũng theo Quyết định này đã quy định chức năng nhiệm vụ của Trung tâm  Kiểm soát bệnh tật Điện Biên theo quy định hướng dẫn của Bộ Y tế và Ủy ban nhân dân tỉnh Điện Biên. Cơ cấu tổ chức gồm Ban giám đốc, 3 phòng chức năng và 12 khoa chuyên môn. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Điện Biên chịu sự quản lý trực tiếp, toàn diện về chuyên môn, ký thuật, nghiệp vụ, tổ chức, nhân sự hoạt động tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế Điện Biên; Chịu sự chỉ đạo hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra về chuyên môn, ký thuật, nghiệp vụ của Bộ Y tế.

Việc sát nhập các Trung tâm tuyến tỉnh có cùng chức năng dự phòng thành Trung tâm Kiểm soát bệnh tật là việc cụ thể hóa của ngành Y tế trong việc thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW Hội nghị lần thứ 6, Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XII về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động các đơn vị sự nghiệp công lập theo hướng tinh gọn, phát triển, hiệu quả. Đây một thay đổi lớn nhưng phù hợp với xu hướng hội nhập trong khu vực và quốc tế nhằm nâng cao công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân.