Song song với quan trắc MTLĐ, Trung tâm thực hiện khám sức khoẻ định kỳ, phát hiện bệnh nghề nghiệp cho NLĐ, nhất là NLĐ làm việc trong môi trường chưa an toàn. Tuy nhiên, nếu như công tác đo, giám sát MTLĐ đã được quan tâm, thực hiện khá tốt, thì việc khám, chẩn đoán bệnh nghề nghiệp cho NLĐ còn nhiều khó khăn, như: Số lượng bác sĩ thực hiện khám bệnh nghề nghiệp so với nhu cầu thực tế và yêu cầu nhiệm vụ chăm sóc sức khoẻ NLĐ còn thiếu rất nhiều; các doanh nghiệp chưa thực sự quan tâm đến công tác khám bệnh nghề nghiệp vì tốn kém, khó sắp xếp lại lao động sau khi NLĐ bị mắc bệnh nghề nghiệp; NLĐ không muốn đi khám vì mất thời gian và thu nhập bị giảm sút sau khi được phát hiện mắc bệnh nghề nghiệp...

Năm 2015, Khoa Sức khoẻ nghề nghiệp của Trung tâm mới chỉ khám, phát hiện bệnh nghề nghiệp cho 2.630 người lao động và mới khám được 4/30 bệnh nghề nghiệp được bảo hiểm; toàn tỉnh có trên 6.300 NLĐ được khám bệnh nghề nghiệp. 9 tháng năm 2016 có 42 đơn vị báo cáo có tổ chức khám sức khoẻ định kỳ; 21 cơ sở tổ chức khám bệnh nghề nghiệp cho NLĐ; phát hiện 100 người mắc bệnh nghề nghiệp/5.211 NLĐ được khám. NLĐ chủ yếu mắc bệnh bụi phổi silic, điếc và lao. Như vậy, thực tế còn có tới trên 90% NLĐ làm việc trong điều kiện có yếu tố tác hại nghề nghiệp chưa được khám bệnh nghề nghiệp. Đây là thiệt thòi cho NLĐ mà các doanh nghiệp, đơn vị cần quan tâm, thực hiện.