Sau khi thành lập cơ cấu Trung tâm hiện có: 3 phòng chức năng tham mưu, 13 khoa chuyên môn tổ chức các hoạt động về phòng chống dịch, bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe, quản lý sức khỏe cộng đồng; khám phát hiện, điều trị dự phòng... và cung cấp các dịch vụ y tế khác trên địa bàn tỉnh. Theo Bác sỹ Ninh Văn Chủ - Giám đốc CDC Quảng Ninh, ngay khi thành lập Trung tâm đã thực hiện việc kiện toàn, ổn định bộ máy tổ chức, sắp xếp và phân công lại nhiệm vụ cho cán bộ, viên chức và người lao động phù hợp với chuyên môn nghiệp vụ đã được đào tạo, nhằm phát huy thế mạnh của mỗi người trong công tác chuyên môn. Trang thiết bị máy móc hiện đại của các đơn vị thành viên sau sát nhập cũng được sắp xếp, bố trí phù hợp với  các khoa phòng chức năng, đảm bảo trang thiết bị được quản lý và sử dụng một cách có hiệu quả. 

Các tiêu chuẩn kĩ thuật ISO 15189: 2012, ISO 17025-2005 đang được áp dụng của các đơn vị thành viên sau sát nhập vẫn tiếp tục được Trung tâm duy trì và mở rộng. Trung tâm đã chủ động cử các cán bộ đi học tập tại nước ngoài cũng như các Cục, Viện hàng đầu tại Việt Nam. Nhờ đó đã ứng dụng nhiều thành tựu khoa học công nghệ cao, tiêu chuẩn quốc tế như: Công nghệ gen, công nghệ phân tử… trong công tác chuyên môn tại Trung tâm. 

Cùng với đó, hoạt động hợp tác quốc tế của CDC Quảng Ninh cũng được tăng cường thông qua các tổ chức quốc tế như: CDC Hoa kỳ, CDC Đài Loan, Viện truyền nhiễm Nhật Bản và nhiều tổ chức khác. Đặc biệt, Viện truyền nhiễm Nhật Bản và Viện Vệ sinh dịch tễ TW còn đã lấy trụ sở của CDC Quảng Ninh làm nơi đào tạo các kỹ thuật xét nghiệm mới trên toàn quốc.

Vì thế sau khi sát nhập Trung tâm đã bảo đảm thực hiện tốt công tác chuyên môn về y tế dự phòng kiểm soát ngăn ngừa dịch bệnh trên địa  bàn tỉnh và nâng cao chất lượng khám chữa bệnh tại phòng khám như: Thực hiện khám, điều trị, dự phòng các bệnh không lây nhiễm (ung thư, tiểu đường, huyết áp); sức khỏe nghề nghiệp, y tế học đường; sức khoẻ sinh sản; điều trị về da liễu, hoa liễu; các bệnh về mắt tại cộng đồng... được người dân trên địa bàn tỉnh tin tưởng và ghi nhận.  

Để tạo sự đoàn kết nhất trí trong tập thể cán bộ, viên chức, lao động, CDC Quảng Ninh luôn tạo môi trường làm việc hiện đại, văn minh, phát huy tính dân chủ, công khai trong mọi đoạt động. Điều này giúp cán bộ, nhân viên, lao động luôn cảm thấy yên tâm, thoải mái trong công việc; từ đó phát huy hết khả năng, trình độ, năng lực của mình vì sự nghiệp chăm sóc sức khỏe nhân dân, vì sự phát triển của đơn vị.

Sau 7 tháng đi vào hoạt động, mặc dù còn rất nhiều khó khăn song với sự quan tâm chỉ đạo sát sao của các cấp Ủy Đảng, Chính quyền; tinh thần đoàn kết, nhất trí của Ban Giám đốc; sự nhiệt tình, trách nhiệm, năng động, năng lực chuyên môn cao của tập thể cán bộ viên chức, CDC Quảng Ninh đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao năm 2018. Đây cũng là tiền đề, là khởi đầu tốt đẹp cho sự phát triển của CDC Quảng Ninh trong những năm tiếp theo.