Phẩm màu được chia làm hai loại chính: 

 - Phẩm màu tự nhiên: Là các chất màu được chiết xuất hoặc chế biến từ nguyên liệu hữu cơ (thực vật, động vật) sẵn có trong tự nhiên. Ví dụ, Caroten tự nhiên được chiết xuất từ các loại quả có màu vàng, Curcumin được chiết xuất từ củ nghệ, màu Caramen được chế biến từ đường...

 Nhóm phẩm màu nguồn gốc tự nhiên có nhược điểm là độ bền kém, sử dụng với lượng lớn nên giá thành sản phẩm cao...

Sự khác biệt của thực phẩm khi dùng màu tự nhiên và phẩm màu nhân tạo.

- Phẩm màu tổng hợp hoá học: Là các phẩm màu được tạo ra bằng phản ứng tổng hợp hoá học. Ví dụ Amaranth (đỏ), Brilliant blue (xanh), Sunset yellow (vàng cam), Tartazine (vàng chanh)... 

 Các phẩm màu tổng hợp thường đạt độ bền màu cao, với một lượng nhỏ đã cho màu đạt với yêu cầu đặt ra, nhưng có thể gây ngộ độc nếu dùng loại không nguyên chất, không được phép sử dụng trong thực phẩm.

 Nhiều người, nhất là cơ sở chế biến thực phẩm chuộng phẩm màu hóa học vì chúng thường đem lại màu sắc đẹp cho món ăn, không bị bay màu trong quá trình chế biến và giúp cho món ăn bắt mắt, hấp dẫn hơn, không dễ bị hỏng.

 Phẩm màu hóa học thường rất rẻ, chỉ khoảng 25.000-50.000 đồng/kg với loại không có nhãn mác xuất xứ từ Trung Quốc. Rất dễ mua các loại phẩm màu này, tất cả đều được bày bán tràn lan ở chợ, chúng còn dễ sử dụng và không bao giờ bị hư.

Để phân biệt, người tiêu dùng nên lưu ý thực phẩm được nhuộm màu hóa học thường có màu sắc bắt mắt, sặc sỡ nhưng trông kém tự nhiên hơn đồ ăn dùng màu tự nhiên. Dưới đây là hình ảnh khác biệt giữa món ăn dùng phẩm màu và dùng màu tự nhiên.

 Tác hại của màu thực phẩm hóa học

 Những thức ăn có chứa phẩm màu trong danh mục được phép sử dụng làm phụ gia thực phẩm của Bộ Y tế, dưới mức giới hạn dư lượng cho phép thì không gây ảnh hưởng cho sức khoẻ. Tuy nhiên, nếu lạm dụng phẩm màu, hoặc chạy theo lợi nhuận, sử dụng các phẩm màu ngoài danh mục cho phép để chế biến thực phẩm (đặc biệt là các phẩm màu tổng hợp) sẽ rất hại, có thể gây ngộ độc cấp tính, tích luỹ lâu dài có thể dẫn đến ung thư, như tương ớt có phẩm màu đỏ Sudan và hạt dưa nhuộm phẩm màu đỏ Rhodamine B.

Những lọ phẩm màu bắt mắt, không rõ nguồn gốc, không ghi thành phần... được bày bán phổ biến tại nhiều chợ.

Tất cả màu thực phẩm nhân tạo độc hại đã bị Cơ quan quản lý thuốc và thực phẩm Mỹ cấm từ lâu, nhưng có 5 loại vẫn tồn tại trong chợ Việt Nam là màu thực phẩm: Blue1, 2; Red 3; Green 3; và Yellow 6 - đây đều là những chất có thể gây ra ung thư khi thí nghiệm ở động vật.

 Blue 1 và 2 được tìm thấy trong những thức uống giải khát như (trà, sữa, rượu, bia...), kẹo, đồ nướng và thức ăn cho thú cưng có mức nguy hiểm thấp nhưng nó liên quan đến ung thư ở chuột. Red 3 tạo ra màu đỏ anh đào, rượu cocktail, kẹo, đồ nướng, đã được chứng minh gây ra khối u tuyến giáp ở chuột. Green 3 có trong kẹo và thức uống giải khát, dù là ít sử dụng, gây ra ung thư bàng quang. Những cuộc nghiên cứu thấy rằng yellow 6 là chất hay được sử dụng nhất để cho vào thức uống giải khát, xúc xích, gelatin, đồ nướng và kẹo. Yellow 6 có thể gây ra khối u ở thận và tuyến thượng thận.

 Hiện màu công nghiệp vẫn được dùng khá phổ biến trong một số thực phẩm cho trẻ em như thạch, nước trái cây, đồ ăn nhanh, kẹo bánh... Một nghiên cứu trước đây của Cục Quản lý tiêu chuẩn thực phẩm Anh còn cho thấy, việc dùng thường xuyên thực phẩm có màu công nghiệp sẽ ảnh hưởng tiêu cực đến trí tuệ của trẻ, khiến chỉ số IQ giảm ít nhất 5,5 điểm. 

 Cách thay thế phẩm màu hóa học

 Khi chế biến thức ăn tại gia đình, tốt nhất là nên sử dụng các phẩm màu tự nhiên. Nếu sử dụng phẩm màu tổng hợp thì cần biết rõ đó là phẩm màu gì, có được phép sử dụng trong chế biến thực phẩm hay không. Không mua và không sử dụng các loại phẩm màu đóng gói lẻ không có nhãn mác, nguồn gốc không rõ ràng để chế biến thực phẩm.

 Theo tiến sĩ Phan Thị Sửu, Giám đốc Trung tâm Kỹ thuật An toàn Thực phẩm, Hội Khoa học Kỹ thuật An toàn Thực phẩm Việt Nam, để phòng ngừa tác hại của thực phẩm có nhuộm phẩm màu, người tiêu dùng cần chú ý nên dùng các chất màu tự nhiên (gấc, cà chua, ớt, cà rốt, dành dành, dâm bụt chua, nghệ, lá dứa thơm…). Các chất màu tự nhiên ngoài tác dụng tạo màu chúng còn có tính chống oxy hóa nên rất tốt cho sức khỏe.